孔學君醫師1984年畢業於北京醫科大學醫學系，1988年畢業於北京醫科大學研究生院並在北醫第一附院完成內科住院醫師訓練，1989年在該院擔任內科住院總醫師。 1990到1994年在美國塔芙茲醫學院新英侖醫學中心肺科博士後期間， 主持研究了超氧歧化酶及急性肺損傷之分子生物學機理，先後在國際肺病雜誌上發表學術論文十餘篇並多次在國際肺病會議上宣講。

1993年通過美國醫生執照考試。 1994至1997年在麻州大學醫學院之附屬醫院完成住院醫師訓練。 1996 獲美國麻州行醫執照，1997 考取內科專業證書，此後一直在波士頓行醫，先後在塔夫茨大學醫學院及哈佛醫學院附屬醫院內科臨床及教學工作。現為哈佛大學以色列醫院內科主治醫師, 並擔任哈佛大學醫學院臨床講師。

2003年以來致力於自閉症研究並建立了自閉症專業門診，採用生物醫學新療法並開展多項科研。 2008年創立了“北美醫學與健康”與“北美醫學與科學”雜誌並任主編。多年來致力於華人社區健康事業，參於了大量涉及中美交流，學術會議及社區服務的組織工作，現任美中醫學交流學會主席。